Nach der Niederwerfung des Tiroler Volksaufstands Ende 1809 verschwand Jakob Placidus Altmutter aus Tirol und hielt sich eine Zeit lang in Klagenfurt und Wien auf. Zwei Jahre später kehrte er nach Innsbruck zurück und setzte seine Tätigkeit in der Werkstatt seines Vaters fort. Seine in dieser Zeit entstandenen Werke, zeigen weiterhin Volksszenen und Trachtenbilder. Als Titelbild dieses Artikels dienen zwei kleine Bilder, die 1815 entstandenen sind. Sie zeigen eine Frau und einen Mann aus der Umgebung Innsbrucks, die in Trachtenkleidung abgebildet sind. Auch der Tiroler Freiheitskampf blieb bis zu seinem Lebensende ein beliebtes Motiv.
Gemeinsam mit seinem Vater stattete er 1815 einen Raum in der Innsbrucker Hofburg mit Fresken aus. Nach dessen Tod im Jahr 1817 widmete sich Jakob Placidus Altmutter nur noch seiner eigenen Kunst. Es entstanden vor allem Zeichnungen, die meist auf eine Umsetzung in der Druckgraphik ausgerichtet waren. Zwei Jahre nach seinem Vater verstarb Jakob Placidus Altmutter. Er soll bei einem Sturz in betrunkenem Zustand in der Nähe von Schwaz im Inn ertrunken sein.